حضرت آیت‌الله خامنه‌ای، سیدمرتضی علم‌الهدی را یکی از برجستگان تاریخ اسلام و از جمله مفاخر علمی در فقه، کلام، ادب، حدیث و تفسیر برشمردند و خاطرنشان کردند: بیان و تدوین فضائل و مناقب و برجستگی‌های افرادی همچون سیدمرتضی در واقع نشان‌دهنده حُسنِ تربیت اسلام و و حوزه‌های اسلامی است.